在得知大蛇丸叛晓之后，周尊表示老子也不干了，任务太麻烦，不想出门，我只想静静做我的研究型宅男，所以周尊表示自己还是做回反骨仔算了。反正晓组织反骨仔也算是传统了，前有宇智波鼬，后有蝎放水送人头，后期更是阿飞和黑白绝这两个大反骨仔，最让人无语的是是晓组织名义上的头领长门竟然在鸣人的嘴炮下，自己背叛组织，复活敌人。
你以为你是黑衣组织酒厂么？TM连BOSS也当反骨仔，所以，对于晓组织，周尊根本就没把它当成一个正经的恐怖组织看，更多是觉得是一群中二病搞出来的搞笑组织。
当时鬼鲛和那名宇智波一族的忍者，直接就想解决周尊，可惜这里可不是晓组织，而周尊也不是独行侠，根本没有出手，只是让辉夜君麻吕和漩涡香磷等人出手，直接挡住了鬼鲛和那名宇智波忍者。鬼鲛的鲛肌完全被辉夜君麻吕的剑术和魔种力量克制，而漩涡香磷在受到周尊的实验进行血脉开发之后，血脉返祖，体内的查克拉不仅多出了强大的生命力，而且对封印术的增福更大了。金刚封锁产生的查克拉锁链不仅仅尾兽，其他忍者的查克拉也能被封印上。
光是这两人，就让鬼鲛和那宇智波一族的忍者头疼万分，被克制的非常厉害，使得他们两个影级的忍者，竟然被两个上忍给压制的没什么脾气，不仅如此，周尊实验室本身就在铁之国的京都，武士和阴阳师也纷纷赶来。
最后那名宇智波忍者竟然展现了万花筒写轮眼，开启了须佐能乎，借助须佐构造出查克拉的翅膀，靠着飞行能力才及时逃走。但这也让周尊发现，那个宇智波忍者并非是宇智波鼬，因为对方的须佐竟然是绿色的，倒是让周尊想到了一个人，宇智波止水
连忙让人寻找忍界发生的各种大事，这才发现木叶中出了一个叛徒，正是宇智波止水，在宇智波一族大肆杀戮，将木叶第一豪门的高层和精锐战力几乎屠杀了大半，剩下的只有一些老幼病残和没能开眼的忍者，真正开眼的宇智波忍者，只留下极为少数的部分弱小忍者还存在。
整个木叶最强忍族，从以前足以与木叶分庭抗礼的族群，硬生生变成了要靠木叶保护的弱小族群。甚至连一般的忍族也不如的地步。而能以一己之力击溃一个忍族，并且逃过木叶追杀的宇智波止水名号可以说瞬间响彻了整个忍界。
而宇智波一族族长虽然逃脱了一劫，不过也重伤不起，不仅双目被挖，而且被破坏了全身的经脉神经，能活下来就不错了，以后根本无法做忍者了。
这个消息，倒是让周尊惊讶了，尝试联络了在宇智波鼬和木叶的“伪神格”分体，知晓了这些原来是宇智波鼬的策略，宇智波鼬直接屠杀了近乎大半的宇智波一族，将其中的鹰派和部分偏激的忍者全部杀了干净，嫁祸给了宇智波止水，逼迫宇智波止水按照他的计划叛逃木叶，加入晓组织卧底。
知晓原因之后，周尊不得不想自己是不是给宇智波鼬的私货太多了，搞得现在怎么这么腹黑，连自己亦师亦友的同族也坑的如此不留情。
不过宇智波鼬的计划，的确取得了巨大的成功，宇智波一族并非全部都是战争狂或者权利疯子，大部分底层的普通族人，甚至大部分没开眼的族人，其实还是非常满意这样的生活。也只有部分在战场上立功却因为原因没得到待遇，或是在战场上亲友死亡走向偏激，亦或是最后部分受到家族教育的精锐，才会想着没事和木叶对着干。
这部分人死的差不多，剩下的人根本不想要和木叶搞什么斗争，于是宇智波与木叶的矛盾很多都偃旗息鼓。而木叶也乐见于此，宇智波损失大半的鹰派和精锐，短期内的确削弱了木叶的兵力，可是宇智波一族到底还是没有灭族，只要一代人培养起来，没了激进派，宇智波一族将会彻底融入木叶，木叶可谓得大于失。
周尊知晓了木叶发展的这一切，心底却没多少开心的意思，计划出现了一些变故，宇智波鼬之后的举动，让周尊觉得他并非是自己最合适的目标，因为宇智波鼬在解决了宇智波一族的问题之后，对那枚“伪神格”却是选择封印起来长埋地下。
这让周尊感觉自己失算了，宇智波鼬可不是二柱子那个中二，而是彻彻底底的早熟忍者，忍者的特质早已融入了宇智波鼬的灵魂。在近距离接触了周尊的意志，被周尊的心灵量子场干涉之后，并没有完全失去自己的人格。毕竟周尊的心灵量子场只是被动的散发，宇智波鼬虽然受到影响，行事作风与以往有很大的差别，可是主要的思维没有受到影响。
从周尊的心灵量子场中得到了相当的知识和思维，也感知到了周尊思想和力量的强大，明白自己绝不能传播这些思想和力量，否则绝对会让木叶陷入混乱。
不过，周尊也只是思考了一瞬间，随后就准备放弃宇智波鼬，毕竟本身就是一部闲棋，既然这颗棋子不准备按照自己的道路走，那就算是废棋，换上一步就可以了。
相比于宇智波鼬，另外一个拥有“伪神格”的志村团藏，可以说大胆多了，为了探究当初周尊的分身力量，直接以血肉作为给养喂养这枚猩红的圆珠，让周尊的细胞不断增值，形成了新的西比拉分身血树。周尊也不介意给志村团藏相当的力量，让魔种和自身的细胞不断的在根部扩张，要看看志村团藏能做到什么地步。
以前，在周尊没有发现这个世界的查克拉干扰之前，对于阿修罗和因陀罗的查克拉，可以说是一种无所谓的态度，能研究自然好，不能研究也无所谓。可是现在因为六道仙人和辉夜姬留下的查克拉阻挠了自己的计划，让周尊不得不重点关注阿修罗和因陀罗转世，
原本剧情中阿修罗和因陀罗的力量合一，再以千手和宇智波一族的基因作为载体，便能获得六道的力量。但周尊非常疑惑，六道的查克拉是否会引起六道仙人的注意呢？这点非常重要，原著剧情最后，六道仙人靠着宇智波斑半个身体残留的六道查克拉，显露人世，而最后，甚至将自己的力量交给了鸣人和宇智波佐助两人，成功封印了辉夜姬。
这样就让周尊感觉到非常棘手，因为周尊现在就是非常想解决六道和辉夜这两个麻烦的家伙，一个不知道在背后谋划什么，一个则是外星入侵者。这个忍界还真是惨，怎么看忍者都是被饲养的家畜啊
可两个人都不是善茬，一个老谋深算，一个则完全是查克拉根源，这样，不得不让周尊暂时针对漩涡鸣人和宇智波佐助两人。
周尊直接控制被宇智波鼬封印的“伪神格”，没有查克拉完全靠着量子干涉效应的自身细胞，根本不会受到针对查克拉的封印术影响。从封印所在的宇智波族地中冲了出来，直接在燃烧所有的力量，形成一枚前所未有的魔种后，没入宇智波的族地之中。
在这之后，木叶依然和平，似乎周尊并未有任何的影响，但在不知名的角落中，宇智波鼬却敏锐的发现自己的弟弟有些不对劲，没有以往那么黏人了，反而面色阴沉了很多，无时无刻不是心事重重。
宇智波鼬更发现，自己的弟弟，看向自己的目光非常怪异，仇恨但也带着一丝怜悯，这让宇智波鼬不明所以，只能更多的照顾自己的弟弟。但宇智波佐助却并不领情，反而一反之前阳光的大少爷形象，直接变成了一个冷面面瘫，不断的追求力量，勤奋修炼，而宇智波佐助，也迅速成为忍者学校中的另一个新兴天才。使得原本因为宇智波止水叛逃，而造成的宇智波一族衰弱的名号再次恢复了过来。
对宇智波佐助下手之后，周尊便放下对木叶的关注专心对查克拉的相关情况进行研究，在周尊对查克拉的研发中，靠着从大蛇丸那里取得的秽土转生，对其中的灵魂和查克拉进行了深入的研究，但也正是在研究中，发现一个让周尊非常困惑的问题，查克拉的波粒二象性转化过程中，并未遵守能量守恒，在转化过程中，有部分的能量不见了。
查克拉并非是什么极为玄幻的不科学能量，而是也符合着能量守恒定律，能量的转化，在理论上是守恒不变，无论是动能、热能、核能、电能、光能，全都是能量的一种表现，在理论转化中，绝对会遵守着恒定的定理，而如果有什么不平衡的地方，那绝对是新的能量损耗和转化定律发现的开始。放射性物质本质的发现，正是基于这种思维模式出现。
为了解决这个问题，借助整个铁之国构建的电磁加速器为基础，将其改造成了电磁粒子加速碰撞器，将查克拉构成的粒子态成为加速粒子，直接进行粒子加速碰撞，进行基础的物理粒子研究，希望能发现其中的秘密。
效果依然不怎么样，在粒子碰撞中，部分的物质消失了，并非是转化成任何的波态、辐射态、粒子态、热能等等形式的能量逸散，而是直接从这个过程中消失不见。这就让周尊非常奇异，认为这种消失的能量，正是查克拉中最为关键的部分，也是彻底解密查克拉能量的关键。
为了了解这其中查克拉的秘密，周尊用了多种方法，最终才在偶然间，对查克拉进行量子态分析模拟的时候，从中接收到了一些非常诡异的乱码信号一样的东西。