背景：
国本之争的延续。
开端：
万历三十一年（1603年）十一月十一日清早，内阁大学士朱赓在家门口发现了一份题为《续忧危竑议》的揭帖，指责郑贵妃意图废太子，册立自己的儿子为太子。不仅朱赓收到了这份传单似的东西，之前一夜，已经在京师广为散布，上至宫门，下至街巷，到处都有。《续忧危竑议》假托“郑福成”为问答。所谓“郑福成”，意即郑贵妃之子福王朱常洵当成。书中说：皇上立皇长子为皇太子实出于不得已，他日必当更易；用朱赓为内阁大臣，是因“赓”与“更”同音，寓更易之意。此书大概只有三百来字，但内容却如同重磅炸弹，在京城中掀起了轩然大波。时人以此书“词极诡妄”，故皆称其为“妖书”。
明神宗得知后，大为震怒，下令东厂、锦衣卫以及五城巡捕衙门立即搜捕，“务得造书主名”，第二次“妖书案”由此而起。
经过：
《续忧危竑议》一书大肆批评首辅沈一贯与大学士朱赓，甚至说“朱赓，就是‘朱’家要‘更’换太子（‘赓’、‘更’为谐音）”。因其言词诡妄，时称妖书。朱赓得此书，立即进宫面奏皇帝。神宗看后大怒，即命东厂“大索奸人”。
沈一贯是浙谠，与东林谠人郭正域、沈鲤等人积怨已深，反借此案诬陷沈鲤等东林谠人，兴起大狱、株连甚众。府同知胡化上书控告训导阮明卿“造作妖书”；而朝廷调查之下，胡化承认自己诬告阮明卿，阮明卿的岳父给事中钱梦皋救援明卿，上书攻击郭正域及沈鲤，认为是他们作妖书的。但胡化反驳说：“阮明卿是我的仇家，我才告他，郭正域考取进士二十年间我们不相往来，怎么说他有牵连？”郭正域是太子的老师，后来由于太子出面保全郭正域，要求东厂提督太监陈万化帮忙，于是陈万化洗清了郭正域的冤情。
康丕扬上疏指出“妖书案”和“楚太子案”两案同源，牵扯医生沈令誉和琴士钟澄。而当时的佛教禅宗大师紫柏真可也因当时要求朝廷停止征收矿税，不停奔走在京师各界，而紫柏真可与沈鲤友好，因此亦被趁机牵连。此后紫柏真可被东厂与锦衣卫严刑拷打，打得体无完肤，自狱中归后，伤重而圆寂，而另一位医师沈令誉亦被处以酷刑。史载：“数日间，锒铛旁午，都城人人自危！”
不久，东厂又逮捕一名形迹可疑的男子皦生彩，皦生彩供出他哥哥皦生光与“妖书案”有关。原来皦生光原为顺天府诸生（秀才），但却时常在京师狡取人财。有一富商包继志，聘请皦生光代纂诗集，皦生光写了“五色龙文照碧天，谶书特地拥祥烟。定知郑主乘黄屋，愿献金钱寿御前。”之诗，正要刊行时，皦生光却以“郑主乘黄屋”一句话有讽刺郑妃夺储之意，可能会引发文字狱，向包继志恐吓银钱，后来甚至恐吓郑贵妃的兄弟郑国泰。
最后皦生光被捕，在锦衣卫屈打之下成招，成为妖书主犯，由于《续忧危竑议》中写的都是朝廷之事，一个秀才无法知悉这样的内容，定是朝廷的人所为，不过陈万化发觉了皦生光以前写“郑主乘黄屋”以诈骗人财之事，已经足以判死刑，所以就打算用皦生光来顶罪，以保全所有大臣。刑部尚书萧大亨想将“妖书”牵连到他讨厌的郭正域，拷打皦生光，逼其招供，但是皦生光宁死不屈。
万历三十二年（1604年）四月，皦生光被判斩首，神宗大怒，改为凌迟，此事就此打住。
后续结果：
皦生光死后，离奇的第二次“妖书案”就此不了了之，“妖书”的真正作者始终没有人知道。妖书案之后，“劫杠案”爆发。
妖书案之后，楚王朱华奎以助工为由，向朝廷贡献万两白银。运送途中，在汉阳被不满朝廷处理方式的楚国宗室朱蕴钤纠集数百人劫走。地方通判等官当场拘捕了带头行劫的宗犯32名，送往狱中。继而楚王宗族群起闹事，突入府院，想要夺回银两和被捕的宗人。副使周应治（鄞县人，任广东参政时在惠州建“天泉书院”，见叶梦熊《天泉书院记》）等无法约束，甚至被殴，只得匿身民间。兵部尚书、右副都御史、湖广巡抚赵可怀，本熟悉楚藩情况，因之前办理“伪楚王”案中顺沈一贯意，宗藩恨赵可怀不公，赵可怀提讯要犯时，被朱蕴钤和朱蕴訇挣断刑枷，当场打死。万历三十三年四月，朱蕴钤与朱蕴訇解送湖广承天府处死，朱华堆等三人自杀，朱华焦、朱蕴钫等被幽禁，史称“劫杠案”。
过了一段时间后，朝野开始流传“妖书”其实出于武英殿中书舍人赵士桢之手。
赵士桢是明朝历史上杰出的火器专家，一生研制改进了多种火器。因其在征治上不得志，名字未能如宋应星、徐光启那样彪炳史册。
赵士桢的一生，颇富传奇色彩。他早年是太学生，在京师游学。他能写一手好字，书法号称“骨腾肉飞，声施当世”，时人争相买他所题的诗扇。有个宦官也十分喜欢赵士桢的书法，买了一把诗扇带入宫中，结果被明神宗看见，大为赏识，赵士桢平步青云，以布衣身份被召入朝，任鸿胪寺主簿。鸿胪寺有点类似于国宾馆，日常职责是凡外国或少数民族的皇帝、使者，到京师朝见皇帝或进贡，按等级供给饮食及招待。
赵士桢为人慷慨有胆略，交游颇广。万历五年（1577年），张居正丧父，因贪恋权位不肯回家奔丧，发生了震惊朝野的“夺情”事件，五名大臣因此被廷杖。赵士桢不畏干连，予以调护，词翰声誉甚盛，号称“他途入仕”名士。不过，他因“生平甚好口讦，与公卿亦抗不为礼”，加上又因为制造火器得罪了不少人，一生并不得志，当了十八年鸿胪寺主簿才升为武英殿中书舍人，还经常受到怀疑、诽谤。皦生光被杀后，京中盛传妖书“是东嘉赵士桢所作也”。赵士桢为此而身心劳瘁，据说他已经精神错乱，甚至多次梦见皦生光索命，终于一病不起，抑郁病亡。
但赵士桢是妖书作者始终只是传说，并没有证据，真正的作者到底是谁，始终没有人知道。“妖书案”虽平，但其影响所及，却已远逾宫廷，遍及朝野，险恶的宫廷斗争也并没有就此平息。
妖书案后接着又发生了著名的“明末三案”，事实上都是东林谠争的延续。