羽戊良离开了第三新东京市，但他留下的影响力相当巨大。
在人类的认知领域当中，又多处一只极其强大的生物，而目标还无法确定是外星生物或地球本身的生物，是敌是友依然无法确定。
在NERV总司令碇源堂的建议下，将羽戊良列入危险观察对象，代号“哥斯拉”（这里直接用哥斯拉作为代号，方便直接明了）。
人类政府也意识到单靠那些常规武器是无法阻挡使徒入侵的步伐，想要保护地球，不让“第三次冲击”降临，依靠人类的力量恐怕已经很难做到。
如今又多了一只未知的神秘生物，人类的未来堪忧。
正因为如此，政府对NERV也是极其信任，把希望寄托在EVA机体上。
停放EVA的机舱。
在巨大的初号机面前，碇源堂站在那里，双手插兜，茶色的墨镜下透露出深邃的目光，正在思考着什么。
“吞下了‘生命果实’的神秘生物，哥斯拉，你究竟是什么样的存在呢？”
碇源堂是亲眼目睹羽戊良吞下了第四使徒的核心，连同里面的“S2机关”一起吞进肚子里，理所应当的，这是一只成功吃下“生命果实”的生物，已经不能用常理来衡量羽戊良的存在。
目前还不能确认的是，羽戊良是有意还是无意吞下了“S2机关”。
若是前者，那么碇源堂可以推断，羽戊良或许知道一些“人类补完计划”的相关内容，那么后者目的可能与他相同。
（关于“人类补完计划”，不清楚EVA剧情的小可爱们可以上网搜索一下，还是比较详细的，本书就不过多赘述。）
也要是后者，羽戊良的起源有必要好好查证，因为这一切关乎到人类未来的命运以及碇源堂自己的计划。
“碇，SEELE那边……”
这时，冬月耕造背负双手走来过来。
“嗯，我知道了，走吧。”
碇源堂点点头，朝着基地深处走去，那里是七位SEELE进行秘密会议之处。
而他们这一次的会议，多半与羽戊良有关，另外就是碇真嗣能否成为初号机驾驶员这件事。
同样的地点，初号机前面，时间回调。
站在初号机面前的，是刚刚经历过初次驾驶EVA机体的碇真嗣。
站在他旁边的，还有葛城美里。
“美里小姐，驾驶EVA原来就是那种感觉吗？”碇真嗣怔怔地看着初号机，这台彻底颠覆他世界观的神秘机体。
“对不起，真嗣君，我无法回答你这个问题，因为我也没有驾驶过EVA。”
葛城美里歉意地看了一眼碇真嗣，认真道。
“哦，是吗？原来如此，为什么，为什么我要背负这样的命运？”
“父亲，我果然还是不被需要的存在。”
碇真嗣黯然地低头看着自己的双手，回忆起小时候被碇源堂抛下的情景，开始自怨自艾起来。
“真嗣君！”
葛城美里伸手搭在碇真嗣的肩旁上，在后者迷惘的眼神中，坚定道：“请相信你自己，你不是为了什么人而活着，而是为了你自己！”
“你坐上了初号机，并且能够驱动它，说明你们彼此选中了对方。”